El estudiante de segundo año, Kindaichi Hajime, es el nieto del famoso detective Kindaichi Kosuke. Él es, normalmente, una persona frívola, pero cuando pasa algo, él lo resuelve con sus poderes de detective, heredados de su abuelo. Kindaichi está en el Club de Misterios, y siempre va con su amiga de la infancia y compañera de clase, Nanase Miyuki, y con el joven Saki Ruuji; juntos se encontrarán con varios casos difíciles.